I. Háziállatok archeogenetikai kutatása

Doktori iskola: Eötvös Loránd Tudományegyetem, Természettudományi Kar, Biológia Doktori Iskola, Genetika Doktori Program
Témavezető:  Szécsényi-Nagy Anna, PhD
Helyszín: HUN-REN Bölcsészettudományi Kutatóközpont, Archeogenomikai Intézet (BTK AGI) (Budapest, 1097 Tóth Kálmán utca 4.)
Jelentkezési határidő: 2025. május 15.

Háziállatok archeogenetikai kutatásában igen sok lehetőség rejlik. Ilyen a háziasítás és tenyésztés során lezajló mikroevolúciós és szelekciós folyamatok feltárása, az emberek és állatok viszonyának pontosabb megismerése. Háziállatok közül például a lovak biorégészeti kutatása kiemelkedő szerepet kapott és kap a tudományterületen, köszönhetően a lovak változatos szerepének és az emberekhez fűződő szoros viszonyuknak.
A hallgató feladata a populációgenetikai, filogenetikai és archeogenomikai elemzések elsajátítása, és alkalmazása háziállatok maradványaiból kinyert genomokon, továbbá a projekt céljainak eléréséhez szükséges statisztikai megoldások fejlesztése. A tervezett archeogenomikai elemzéseket a munkacsoport régész és archeozoológus szakértői fogják támogatni, a munka laboratóriumi részét pedig az Archeogenomikai Intézet asszisztensei végzik. A kutatáshoz az infrastruktúrát a HUN-REN BTK Archeogenomikai Intézetének laboratóriuma biztosítja. A lovak mellett több más háziállat (mint például teve) kutatása is bekapcsolható a PhD témába. A kutatás tematikáját és anyagi hátterét az MTA-BTK Lendület Biorégészet Program adja.

A PhD munkához bioinformatikai és Linux operációs rendszer alapismeretek, R vagy Python programozási alapismeretek előnyt jelentenek.

Szükséges nyelvtudás: angol
További követelmények: biológus, biomérnök, fizikus vagy biofizikus végzettség (MSc), bioinformatikai és Linux operációs rendszer alapismeretek, alapvető programozási ismeretek előnyt jelentenek
A programra felvehető diákok száma: 1

II. Archaikus minták teljes genomi elemzéseinek fejlesztése

Doktori iskola: Eötvös Loránd Tudományegyetem, Természettudományi Kar, Biológia Doktori Iskola, Genetika Doktori Program
Témavezető: Szécsényi-Nagy Anna, PhD
Helyszín: HUN-REN Bölcsészettudományi Kutatóközpont, Archeogenomikai Intézet (BTK AGI) (Budapest, 1097 Tóth Kálmán utca 4.)
Jelentkezési határidő: 2025. május 15.

Az archeogenetika tudományterületén belül napjainkban egyre hangsúlyosabb szerepet kap a bioinformatika, az archaikus genomi adatok különböző feldolgozási lehetőségeinek fejlesztése.
 Az Archaeogenomikai Intézet kutatócsoportja a közelmúltban kifejlesztett egy nyers DNS adatok feldolgozására szolgáló informatikai rendszert, olyan kapcsolódó eszközökkel, amelyek például monitorozzák a minták tisztaságát, vagy segítik az öröklődő betegségek és a fenotípushoz kapcsolható genetikai markerek nyomon követését (Gerber et al. 2023). A jelen PhD kutatás központi témája az ősi genomok mélyebb elemzéséhez hasznos további módszerek tesztelése, adaptálása és fejlesztése. A doktori munka egyik lehetséges iránya a populációgenetikai, a másik pedig a genetikai betegségek és egyes genomi régiók genetikai szelekciójának kutatása ősi populációkban.

A hallgató feladata lesz a gépi tanulás lehetőségeinek és alkalmazásának felderítése az archaeogenetikai kutatásokban, így a téma informatikai érdeklődést és erős statisztikai alapokat kíván.

A PhD munkához bioinformatikai és Linux operációs rendszer alapismeretekre, R vagy Python programozási alapismeretekre van szükség.
A kutatáshoz az infrastruktúrát az BTK Archeogenomikai Intézetének laboratóriuma biztosítja.

Szükséges nyelvtudás: angol
További követelmények: biológus, biomérnök, fizikus vagy biofizikus végzettség (MSc), bioinformatikai alapismeretek, Linux operációs rendszer ismeretek, alapvető programozási és biostatisztikai ismeretek
A programra felvehető diákok száma: 2

III. Ókori népességek összetételének és kapcsolatrendszerének kutatása archeogenetikai eszközökkel

Doktori iskola: Eötvös Loránd Tudományegyetem, Természettudományi Kar, Biológia Doktori Iskola, Genetika Doktori Program
Témavezető: Szécsényi-Nagy Anna, PhD
Helyszín: HUN-REN Bölcsészettudományi Kutatóközpont, Archeogenomikai Intézet (BTK AGI) (Budapest, 1097 Tóth Kálmán utca 4.)
Jelentkezési határidő: 2025. május 15.

A PhD téma klasszikus populációgenetikai és újabb genetikai rokonságkereső programok elsajátítása mentén ókori népességek genetikai kutatásaira irányul. Az MTA-BTK Lendület Biorégészeti Program mentén genetikai eszközökkel régészeti és történeti kérdésekre keresi a választ, kiegészítve a humán genetikai vizsgálatokat az emberek kórokozóit felderítő genetikai szűrésekkel.

Szükséges nyelvtudás: angol
További követelmények: biológus, biomérnök, fizikus vagy biofizikus végzettség (MSc), bioinformatikai és Linux operációs rendszer alapismeretek előnyt jelentenek
A programra felvehető diákok száma: 2

IV. Őskori kórokozók archeogenomikai kutatása

Doktori iskola: Eötvös Loránd Tudományegyetem, Természettudományi Kar, Biológia Doktori Iskola, Genetika Doktori Program
Témavezető: Szécsényi-Nagy Anna, PhD
Helyszín: HUN-REN Bölcsészettudományi Kutatóközpont, Archeogenomikai Intézet (BTK AGI) (Budapest, 1097 Tóth Kálmán utca 4.)
Jelentkezési határidő: 2025. május 15.

A folyamatosan fejlődő molekuláris és bioinformatikai technológiák egyedülálló betekintést nyújtanak archaikus kórokozók, illetve a gazda-patogén kapcsolat evolúciójának vizsgálatába. A történelmi betegségek ilyen jellegű kutatása már csaknem egy évtizede kiemelkedő területe az archeogenomikának, melybe a jelentkező hallgatónak is lehetősége van bekapcsolódni. A doktori munka célja olyan bioinformatikai módszerek elsajátítása, alkalmazása és fejlesztése, mellyel a hallgató a HUN-REN BTK Archeogenomikai Intézetben feldolgozott humán maradványokban esetlegesen fellelhető kórokozók genetikai maradványait azonosíthatja és elemezheti. A téma elsősorban a mikrobiológiai, biostatisztikai és bioinformatikai készségek fejlesztését célozza, ezen ismeretek megléte előny, de nem feltétel a jelentkezéshez. A kutatáshoz az infrastruktúrát a HUN-REN BTK Archeogenomikai Intézetének laboratóriuma biztosítja.

Szükséges nyelvtudás: angol
További követelmények: biológus, biomérnök vagy biofizikus végzettség (MSc), orvosi végzettség
A programra felvehető diákok száma: 1

Várjuk témáink iránt érdeklődő, szakdolgozati témát, gyakornoki lehetőségeket kereső BSc és MSc hallgatók jelentkezését is!

📩 A jelentkezéseket az intézet igazgatója, Szécsényi-Nagy Anna várja aszecsenyi-nagy.anna[kukac]abtk.hu emailcímre.