2001 őszén az MTA Régészeti Intézet az MTA SZBK Genetikai Intézetével közösen sikeresen pályázott az NKFP 5. keretprogramban a "Történeti genetika a magyar etnogenezis kutatásában" c. témával. A pályázatban a Régészeti Intézet arra vállalkozott, hogy egy archaikus DNS izolálására és tipizálására alkalmas laboratóriumot hoz létre. Az Archeogenetikai Laboratórium ünnepélyes átadására 2003. november 19-én került sor. A labor egy évtizeden át kutatta a magyarság etnogeneziséhez kapcsolódó kérdéseket, mely során többször átépült és megújult. 2015-től kezdve a munkacsoport áttért az újgenerációs DNS szekvenáláson alapuló teljes mitokondriális, majd teljes sejtmagi genomi elemzésekre. 2016-ban új épületben új labort tervezhetett, mely infrastrukturális fejlődést és a legmodernebb technológiák bevezetését tette lehetővé. A munkacsoport és a kutatási területek palettája az utóbbi években folyamatosan bővült, a fókusz azonban továbbra is a Kárpát-medence népességeinek és a hozzájuk kapcsolódó populációk genetikai kutatása maradt. 

Kutatási feladatok

• Az archeogenomika eszközeivel, nemzetközi szinten és kapcsolatrendszerben kutatja a Kárpát-medence és Eurázsia archaikus humán népességeinek genetikai jellemzőit.
• Történeti és biodiverzitási szempontok alapján kutatja a nem humán fajok, elsősorban az emberhez köthető állatok archaikus maradványainak genetikai jellemzőit.
• Feltárja a különböző régészeti korok népességei közötti genetikai kapcsolatokat a populációgenetika és a filogenetika eszközeivel.
• Segíti a régészettudományt és az antropológiát specifikus kérdések (mint rokonság, genetikai nem, biológiai leletek összetartozása, többes temetkezések értelmezése, fenotípusos jellemzők) megválaszolásában.
• Vizsgálja a régészeti korok embertani leletein keresztül a egykor élt népességek egészségügyi jellemzőit az egészséget befolyásoló genetikai adatok után kutatva, továbbá archaikus mikrobiológiai eszközeivel humán kórokozók megismerése céljából.
• Kutatja a magyarországi és környező országok ma élő kisebbségeinek, nyelvi és néprajzi egységeinek genetikai diverzitását és történeti kapcsolatrendszerét.
• A magyar őstörténet hagyományos társtudományaival együttműködve feltárja a magyarság korai történetének és a magyarság kárpát-medencei és honfoglalás előtti korai magyarság genetikai jellemzőit, kapcsolatrendszerét.
• Részt vesz különböző rendszerekből (egészségügyi, igazságügyi, néprajzi) nyert adatbázisok és archaikus adatok összehasonlító elemzésében, egyedi kutatásokban.
• Az intézet kutatási feladatának tekinti történeti személyek, családok, katonai temetkezések hitelesítő genetikai vizsgálatát.
• Az intézet által alkalmazott módszertanok és a szakértői tudás mértékében részt vesz igazságügyi antropológiai-genetikai vizsgálatokban.
• Munkatársai részt vesznek megfelelő minőségbiztosítás mellett BSc, MSc és Phd hallgatók, ERASMUS, Stipendium Hungaricum és egyéb külföldi ösztöndíjjal érkező hallgatók gyakorlati képzésében és projektjeik megvalósításában.