A vizsgálataink elvégzéséhez elsősorban fogak és azok a csontok alkalmasak, amelyek nagyobb tömegű kortikális állománnyal rendelkeznek. Ez az állomány őrzi meg ugyanis számunkra az archaikus DNS-t a lehető legnagyobb mennyiségben és a lehető legjobb állapotban. Újabb kutatási eredmények szerint a koponya sziklacsonti része különösen magas arányban tartalmazza a szervezet saját DNS állományát.

A vizsgálati anyagok preferecia sorrendje a következőképpen alakul:

• elsősorban halántékcsont sziklacsonti része (pars petrosa ossis temporalis)
• másodsorban nagyobb intakt fogak (őrlőfogak)
• harmadsorban nagyobb kortikális állománnyal rendelkező csontok (pl. combcsont, sípcsont, felkarcsont).

A csontokban fennmaradó DNS állományt a hőmérséklet ingadozása, nedvesség, illetve egyéb tényezők (pl. savas kémhatás) roncsolják. A földből előkerülő történeti korú csontok felületén az azokat kezelő, feldolgozó személyek ujjlenyomatokat hagynak, melyek DNS nyomokat is tartalmaznak, jelentősen megnehezítve az ősi DNS kutatását. A múzeumi raktárokban tartott csontokban a DNS degradálódása jelentősen felgyorsulhat. A DNS mintavételt ezért célszerű a frissen kiásott (nem mosott) csontokon végezni, lehetőség szerint még az ásatáson, hogy a kontamináció esélyét minimálisra csökkentsük.