I. Háziállatok archeogenetikai kutatása

Doktori iskola: Eötvös Loránd Tudományegyetem, Természettudományi Kar, Biológia Doktori Iskola, Genetika Doktori Program
Témavezető: Anna Szécsényi-Nagy
Helyszín: Bölcsészettudományi Kutatóközpont, Archeogenomikai Intézet (BTK AGI) (Budapest, 1097 Tóth Kálmán utca 4.)
Jelentkezési határidő: 2023. május 1.

Háziállatok archeogenetikai kutatásában igen sok lehetőség rejlik. Ilyen a háziasítás kapcsán lezajló mikroevolúciós és szelekciós folyamatok feltárása, az emberek és állatok viszonyának pontosabb megismerése. Háziállatok közülük például a lovak biorégészeti kutatása kiemelkedő szerepet kapott és kap a tudományterületen, köszönhetően a házi lovak változatos szerepének és az emberekhez fűződő szoros viszonyuknak. A ló az őskortól kezdve presztízst is képvisel, használata szorosan kötődik az emberek életmódjához, társadalmi szerepéhez.

A hallgató feladata a populációgenetikai, filogenetikai és archeogenomikai elemzések elsajátítása, és alkalmazása háziállatok maradványaiból kinyert genomokon, továbbá a projekt céljainak eléréséhez szükséges statisztikai megoldások fejlesztése. A tervezett archeogenomikai elemzéseket a munkacsoport régész és archeozoológus szakértői fogják támogatni, a munka laboratóriumi részét pedig az Archeogenomikai Intézet asszisztensei végzik. A kutatáshoz az infrastruktúrát az BTK Archeogenomikai Intézetének laboratóriuma biztosítja. A lovak mellett több más háziállat (mint például teve) kutatása is bekapcsolható a PhD témába.

A PhD munkához bioinformatikai és Linux operációs rendszer alapismeretekre, R vagy Python programozási alapismeretekre van szükség.

Szükséges nyelvtudás: angol
Javasolt nyelvtudás: német
További követelmények: biológus, biomérnök, fizikus vagy biofizikus végzettség (MSc), bioinformatikai alapismeretek
A programra felvehető diákok száma: 1

II. Archaikus minták teljes genomi elemzéseinek fejlesztése

Doktori iskola: Eötvös Loránd Tudományegyetem, Természettudományi Kar, Biológia Doktori Iskola, Genetika Doktori Program
Témavezető: Anna Szécsényi-Nagy
Helyszín: Bölcsészettudományi Kutatóközpont, Archeogenomikai Intézet (BTK AGI) (Budapest, 1097 Tóth Kálmán utca 4.)
Jelentkezési határidő: 2023. május 1.

Az archeogenetika tudományterületén belül napjainkban egyre hangsúlyosabb szerepet kap a bioinformatika, az archaikus genomi adatok különböző feldolgozási lehetőségeinek fejlesztése.
Az Archaeogenomikai Intézet kutatócsoportja a közelmúltban kifejlesztett egy nyers DNS adatok feldolgozására szolgáló informatikai rendszert, olyan kapcsolódó bioinformatikai eszközökkel, amely monitorozza a minták tisztaságát, vagy például segít az öröklődő betegségek és a fenotípushoz kapcsolható markerek nyomon követésében (Gerber et al. 2022). A jelen PhD kutatás központi témája az ősi genomok mélyebb elemzéséhez hasznos további módszerek tesztelése, adaptálása és fejlesztése. A doktori munka egyik lehetséges iránya a populációgenetikai elemzésekhez szükséges módszerek fejlesztése, a másik pedig a genetikai betegségek és egyes genomi régiók genetikai szelekciójának kutatása ősi populációkon.

A PhD munkához bioinformatikai és Linux operációs rendszer alapismeretekre, R vagy Python programozási alapismeretekre van szükség.
A kutatáshoz az infrastruktúrát az BTK Archeogenomikai Intézetének laboratóriuma biztosítja.

Szükséges nyelvtudás: angol
További követelmények: biológus, biomérnök, fizikus vagy biofizikus végzettség (MSc), bioinformatikai alapismeretek, Linux operációs rendszer ismeretek, alapvető programozási és biostatisztikai ismeretek
A programra felvehető diákok száma: 1